经过转制早期的简单化发展之后，许多科研院所开始在创新发展模式上进行积极的探索，如设立院（所）科技发展基金、加大科研投入；确立重点产业化项目，并按照“立项-研发-产业化”这样的战略发展范式进行产业化发展；在商业模式上，更是尝试了各种做法（在某院甚至有13种之多）。但真正建立起创新发展模式且在产研结合上真正走通的，并不多。
近几年，国家实施创新发展战略，很多科研院所抓住机会，建立起国家及各级地方政府的重点实验室、工程技术研究中心、工程研究中心等技术硬件系统和科研平台，获得的国家科研资金也逐年翻番。很多本已走入严重困境的科研院所，重新获得了发展下去的机会；同时，生产制造企业也在构建研发体系，民营高科技创业团队又正在大量涌现，科研院所面临前所未有的威胁。因此，对大量转制科研院所而言，本轮发展机会虽然很好，但很可能是最后一次机会，必须做好最后一搏的准备：对创新发展模式进行深度构建，确保“十三五”期间切实建立起功能性的创新发展体系，真实步入产研循环的良性发展通道。否则，随着科研基建规模下降、国家科研体制改革深入、其它类型企业创新能力形成，在创新发展模式上不去走、不真心走或没能走成的科研院所，又将面临转制早期“断奶”的痛苦和随后的发展困境。
承载如此重大发展使命和极高要求的“十三五”规划，需要建立在迥异于以往的、高能级的理论认识和技术方法上，在重点工作领域要有实质性的、层次性的提升和突破。
一、在“主体类型演化”的大背景下思考当前问题和未来发展
研究院所、设计院所、工程公司、生产制造企业、金融类企业、电商等等，都是经济生态中的具体“物种”，即（企业）主体类型。
转制以来，科研院所的主体类型一直在演变中，未来还会进一步演变。主体类型之所以演变，除了科研院所转制早期的特殊原因外，根本上是两类战略性因素增强后的结果：一是在技术竞争地位提升的同时技术周期大大缩短，原来围绕技术转移、转化、普及、升级和淘汰而形成的固有产业格局正在发生重大变化——各类主体都力图寻找和确立新位置、新身份；二是业务模式（商业模式）成为重要竞争方式，需要企业在整个商业生态中寻找并构造有利的业务模式——主体类型定位的内容性构成。
很多科研院所转制之后，在主体类型演化上，没能正确处理研究院所类企业主体和生产制造类企业主体之间的关系：一边倒的从前一种主体转变成了后一种主体，科研主体性质和研发能力丢掉了，结果相继陷入“子公司长不大，总部又成了空壳子”的发展困境。近几年，还有些生产服务性研究院所，在广泛市场机会的引导下，正快速向设计院类主体转变，即科研主体性质不断弱化而设计院主体性质不断强化，导致：既有业务缺乏技术竞争力，增长乏力；技术储备严重匮乏，新业务出不来。
“主体类型演变问题”是一级战略问题，而很多科研院所当前认识到的问题和所采取的做法多属二级战略层次。仅在二级战略层面努力是不够的，接下去首先需要的是“主导演变进程”，而非在演变之下被动的解决问题。
主体类型演变是事实也是趋势，关键在于：科研院所能否在战略的顶层智慧上认识到这个层次，用战略发展手段替代自然发展手段，积极介入和引领主体类型的演化进程——向复合多种主体类型成分（科研院所、设计院所、工程公司、产业公司等）的高级主体演变，而非仅仅在各主体类型之间做非此即彼的简单变换。
现行的企业战略理论主要是满足同类型企业之间竞争需要的，整体上称为“同类竞争战略”。对于正处于转型发展中的科研院所，同类竞争战略存在框架性缺陷，必须用“非类趋向战略”加以指导：战略定位上增加“主体类型定位”；战略手段上增加“业务模式升级”和“主体类型构造”；战略措施上增加“汇聚基础要素，变异资源特质”、“定制商业环境，建立价值新秩序”、“重塑组织模式，构造多级能量循环”和“整合管理体系，操控复杂机体”。（了解非类趋向战略相关知识，参阅复斯公司《非类趋向战略：向创新型企业转型的行动框架》研究材料。）
二、以“三个高级化”为主线，系统规划“十三五”发展方略
对于很多科研院所而言，“十三五”战略规划的研究重点不主要在外部市场环境，而在自身内部条件——主要是以下三个层面：
第一层面：运营模式高级化
很多科研院所的业务运营系统比较粗放：业务单位独立经营、封闭生产，通过业务单位增加或人员规模扩张提高运能（销售能力和生产能力）。这种方式不仅不利于系统集成业务开展，而且也不具有可持续发展意义——在规模达到某个边界值后，负面效果就会凸显，进而成为制约继续增长、尤其是高质量增长的阻碍力量。
面对“十三五”时期的巨大发展机会，研究院所当前在业务运营层面的做法，需要有一个大的能级提升，在开放且集成的技术方向下，建立大容量、高能效的业务运营系统，否者很难打开大发展的内生动力通道。而这一切需要以经营思路和组织逻辑的重大突破为前提——它们是运营模式高级化的关键，是制约运营系统能级提升的“天花板”。
第二层面：业务模式高级化
业务模式在内涵上包括三个方面：业务形式、盈利模式、开展方式（营销方式、竞争方式、建设方式、生产方式等）。当实践中强调后二者时，常称为“商业模式”。
业务模式高级化的直接方式很多，如：形成适应业务类型不断增加和复杂化的业务发展逻辑和商业模式；优化业务组合，提高业务整体质量；升级业务模式，获取更多高端系统业务，提高业务附加值；通过推广和应用更多的新技术，提高业务的技术竞争力，获取差异化竞争优势并提升盈利水平；通过将核心技术产品化，实现规模化发展等。
同时，从加强业务基础建设和业务管理方法入手，能间接提高业务模式的高级化程度，如：推进标准化和模块化水平，提高规模化定制能力；完善项目（群）管理，提高人力资源虚拟使用水平；细化、规范产品和服务各环节成本，梳理各业务单位关联业务活动（营销活动/生产活动）的经济关系，构建和完善多品类、多环节、多主体的院所经济权配置体系等。
第三层面：主体类型高级化
主体类型高级化的目的，是形成“强科研+强产业（产品类/服务类/工程类等）”的组织特质、形成“科研贡献产业、产业反哺科研”的良性循环，从而步入创新驱动、转型升级的创新发展之路。核心是解决产研的结合关系，即如何在企业内部实现“两类资源”、“两种主体”和“两个体系”的结合——科研资源、科研主体与科研组织体系，同业务资源、业务主体与业务组织体系的结合。
可围绕以下内容对主体类型高级化进行规划：主体类型定位，确定主体类型长期发展目标和“十三五”阶段发展目标；主体类型构造，“十三五”阶段的目标组织形态与运行模式；创新发展路径，技术创新、业务模式升级及二者配合使用与综合创新；创新项目开展模式，科研及其成果产业化/业务化工作模式；既有业务的创新发展模式等。
总体看，运营模式高级化和业务模式高级化互为表里——“业务”是运营系统的“内容”，高效、高能的运营系统加上高质量的业务，才能实际实现高经营价值和高发展水平；主体类型高级化在资源基础、能力类型、组织架构和工作系统上，根本决定了运营模式高级化和业务模式高级化的程度——前者是后二者的“空间”，后二者虽有各自独立优化提升空间，但只能在一定程度内。三者之间存在行动的关联性，战略规划时，应将它们置于同一个框架体系内做系统思考。
各研究院所应结合自身的实际情况，在三个高级化上确定各自的“痛点”，并以此为靶点做出针对性的个性化方案。
三、重视战略诊断，彻底解决认识的障碍问题
当前，科研院所和科研人员的历史包袱很重：
第一，以前失败原因尚未厘清，共识程度低。此前各种做法失败的原因没有得到根本、共识性的解释，再行动缺乏前提；
第二，缺乏更高层次认识和指导，停留在争论、怀疑和犹豫不前的状态；
第三，认为各种模式都用了、各种方法也都尝试过了，不相信能有什么新理论、新方法或新认识可以解决问题；
第四，环境竞争压力与发展现状使大家日益感到恐慌。在咨询实践中，我们经常听到科研院所中高层有这样的困惑：科研院所作为一类物种是否有存在的合理性？——小的有创业公司，大的有产业集团，自身所属的集团也在组建新的科研主体，科研院所是创新主体的中间物种，长期存在的可能性、合理性很成问题。
不破除上述组织心理障碍，就无法转入到面向未来的行动上。各科研院所需结合自身，就若干认识问题进行高水平的分析，并形成明确结论，用更高层次的发展理论解释历史、指引方向。
为此，科研院所在编制“十三五”发展规划时，建议将战略诊断作为一个独立的阶段和完整的成果加以呈现和讨论，在达到统一认识的同时，也达到提升认识的目的。这样才能凝聚更广泛的群体、以更好的知识准备和更建设性的心态参与到后续战略制订中。
这里所说的战略诊断，不同于常规战略制定过程中的战略分析。后者主要是“向前看”，以形成战略规划内容为目的；而前者则是在此基础上，同时“回头看”，以达致共识性认识为目的。
