2、结果的复合性，难以清楚划分岗位和部门职责。分岗位或部门进行考评，要求岗位和部门之间的责任界限非常清晰，而很多科研院所的业务多半是边研究、边生产，过程中的投入具有不确定性，阶段性成果是很多人员和岗位的“复合”结果，对其中的每个岗位和人员在“复合结果”中的贡献计量非常困难。因此，在这类业务“复合结果”的生产过程中，有关岗位和部门的责任界定无法清晰。

3、任务多变，收集考评信息成本高。一些科研院所的业务表现为多品种、小批量，很多岗位和部门在不同业务中的任务也不同，如在一个项目中是项目经理或主要设计部门，在另一个项目中可能是一般设计人员或配合部门。在任务不固定的情况下，不仅不易确定考评指标、难以划分岗位和部门责任，而且收集完整的考评信息成本也非常高。

4、利益不相关，考评缺乏激励性。在科研院所，执行具体考评的职能部门是组织的代理人，其本身并不能从严格考评中获得直接收益，这种收益主要是整体组织的，相反还可能遭致被考评主体的不满，因此，职能部门在对业务部门进行考评时往往是象征性扣一点，结果导致各部门的考评结果都差不多。

5、横向考评不配套，纵向、横向没结合。虽然，横向考评可以部分解决诸如考评信息获取、考评动力等问题，但在目前情况下，由于在其他方面的机制和制度不配套，横向考评的应有效果发挥不出来，反而还使得考评显得更加复杂、考评结果更加模糊。比如，如果业务运行模式不改变，还继续采用由上而下的计划分解方式，则横向部门之间本来存在的业务联系就会被割裂，就不会有利益和责任上的直接联系，它们都是和上级部门发生利益和责任关系。横向部门之间没有直接的利益和责任关联，那么部门之间的横向考评就不会有真正的动力，横向考评就不会有效果。另外，横向考评体系与纵向考评体系没有很好地结合、形成完整统一的体系，也是考评模式改变以后效果不佳的原因。

分析表明，要解决好科研院所的考评问题，关键在于两个方面，一是通过业务流程的组织和考评对象的虚拟复合，增强科研活动的可考性；二是通过构建各个部门之间的利益关联，增加部门与员工的愿考性。上海复斯管理咨询公司开发的关联考评模式，经过多家科研院所的实践，能够比较有效地解决一些科研院所的考评问题。关联考评模式的具体做法包括三个方面：

首先，对科研院所的业务组织和运行方式进行调整与改造，构造相对独立的考评对象。根据科研生产业务流程的客观要求，调整传统的业务组织方式，改变计划的形成过程。在整个业务过程，从市场竞标、到内部项目分配、生产各个环节（包括设计、采购、外协、组装等）以及售后服务，根据各个科研院所的实际情况，引入市场化的组织方式，并确定应用范围，在内部建立竞争性伙伴关系。在内部具有交易关系的部门或者团队就是院所层级的考评对象。之所以构建相对独立的考评对象，主要目的在于使这些考评对象的绩效结果能够观测到，并可以计量，其评价标准能够在交易主体之间的谈判过程中确定，并在此基础上形成指标，计划下达，从而解决科研生产活动的可考性较差问题，同时也为建立各个部门和团队的契约关系做好铺垫。

其次，用关联价值增加值构造利益关联。由于构造的考评对象之间具有交易关系，这一系列的交易关系完成了整个业务流程。因此，各个考评对象都处在一条价值链的各个环节，每个考评对象都对整个价值链有贡献。关联考评模式中，用关联价值增加值来衡量这种贡献，并作为各个考评主体的主要考评指标，同时，也是该考评对象奖金分配的基础。这样，任何一个考评对象的关联价值增加值与其相关联的部门的业绩情况密切相关，考评对象因为关联价值增加值作为自身的分配基础，而必然对影响本身关联价值增加值的有关其他部门，表现出前所未有的关注，如研究室会对采购部门的采购提出明确的质量、成本和进度要求，仪器仪表部门会改善自身的服务态度，而设计部门也会提高仪器仪表的利用效率。之所以要构建利益关联，主要是改变传统考评体系中的激励动力不足、解决考评中的愿考性问题，通过每个主体对自身利益的关注，提高它对其相关部门业绩的监督动机，让其享有监督带来的收益。这样，不仅解决了考评信息收集难、结果兑现难、考评打分难等问题，而且，还可大大减轻院所层级的考评压力，降低职能管理部门和业务部门的冲突，简化考评程序，降低考核成本。