随着时间的推移和改革的深化，这些设计院较好或基本解决了转制初期所面临的经营问题和人力资源管理问题。然而，近两年我国在交通、电力、市政建设等许多领域的较大建设投入，“生产能力不足问题”开始凸现出来，成为制约许多发展较好设计院进一步发展的紧迫问题。以上海复斯管理咨询公司提供过管理咨询服务的几家大型设计院情况为例，它们都只能完成当年经营任务的50%左右。对这些设计院而言，如果不能有效放大产能，则不仅不能进一步提高当年的经营收入，而且也丧失了提高市场份额和增强市场竞争率的机会。

实践中，虽然很多设计院在积极解决产能放大问题，但都未能取得突破性进展。这是因为设计院是以优秀人力资源为主的企业，很难像制造企业那样进行生产资源的迅速扩张；设计院由于转制时间不长，行业的市场化分工体系尚未形成，单个设计院自身的市场扩张机制也远未形成，所以也很难像成熟行业和成熟企业那样，采取分包和收购、兼并的方式实现生产规模的扩张。近期内，设计院提高生产能力的最现实的方式，只能是内部挖潜。而在内部挖潜上，很多设计院普遍遇到组织模式突破困难的问题——采用专业所模式（直线职能制在科研院所的具体表现），还是综合院模式（事业部制在科研院所的具体表现）？前者虽可发挥专业生产资源的规模经济，各专业的生产能力达到最大化，但生产管理能力却相对较低；后者虽使得生产管理能力达到最大化，但由于专业生产资源分散，各专业的生产能力却又被弱化。结果，无论采用哪种模式，都会在专业生产能力和生产管理能力之中出现一块“短板”，最终影响着实际生产能力的提高。现在，很多设计院在这两种组织模式间变来变去，一直没有找到一种可以在现有资源基础上，能实现专业生产能力和生产管理能力同时提高的组织模式。解决上的困难性，使得设计院面临的生产能力不足问题变得更加严重（详见复斯研究成果《中国建设报》2006年10月26日“六大问题阻碍设计院产能放大和组织效率提升”）。

战略发展问题是发展较好设计院面临的另一个相对突出的问题。虽然这个问题一直都很重要，但转制之初的几年内，由于阶段性工作的重点在“事业单位企业化”上，所以当时更加迫切的问题是经营问题和人力资源管理问题，而非战略发展问题。在这些问题基本得以解决后的最近两年，战略发展问题才开始真正成为发展较好设计院面临的迫切问题。发展较好的设计院，虽然生存不再是问题，业务量也较以前有很大的增长，但也普遍意识到现有业务形式本身在发展空间上的局限性，如果仅仅依靠咨询和设计业务本身，企业很难实现突破性的发展。另外，随着我国设计服务行业的开放，面对外国工程咨询顾问公司的竞争，很多设计院在传统业务上又感到了很大的经营压力。在这种情况下，很多发展较好的设计院强烈感到思考战略发展问题的紧迫性。现在很多设计院在思考战略发展问题时，普遍遇到的是战略定位的抉择问题：定位为咨询顾问公司，还是定位为工程公司？如果定位为以工程总承包为主的工程公司，那么，万一工程总承包业务发展不起来，而原来的设计业务又受到影响，怎么办？——事实上，工程总承包业务单值大，要求高，确实不易开展，这一点，设计院都有充分的认识；如果继续定位为以咨询、设计为主的咨询顾问公司，则缺乏足够的战略空间和远景吸引，况且，显而易见的价值机会也确实在丧失。因此，绝大多数设计院在战略定位上举棋不定，犹豫不决，仍然处于讨论、甚至拖延之中。