职能部门功能行使的基础是制度——业务管理制度和职能管理制度，其功能行使的实质是制度执行过程。由于职能部门在业务部门和分子公司面前通常没有制度解释的权威性（专家性和客观性受怀疑），更没有即时修改和离开制度直接指挥的权力（这是直线领导权利），所以制度制订必须完整和适用（不需要作即时性解释、修改和直接指挥），否则即便职能部门有比较完备的设置，也难以发挥应有的功能，仍然只能靠直线领导替代性完成。
这在实践中导致企业处于一种“强直线弱职能”状态：（1）管理中的绝大部分工作，都是由业务部门和分子公司领导直接找董事长、总经理等解决，高层领导需要超常付出、直至不堪重负；（2）职能部门尽管设置很齐全，也很难独当一面，分担行政领导的工作；（3）职能部门很难介入到业务部门和分子公司的管理中，否则就会发生矛盾冲突——为了避免冲突，职能部门必然选择不作为或少作为，进而又导致在要做的工作上推诿、在出现的问题上扯皮之类的常见现象……于是很多企业总部虽然在组织结构上是直线职能制，但在管理上却没有达到直线职能制的相应管理状态。
以前在很多企业中职能部门非常弱化、甚至“可有可无”，因为传统发展模式下，“干活的”主要是业务条线人员和领导；那么到了创新发展阶段，想要更有技术含量的、更高质量的和更高能级的（复杂商业模式）完成业务，还真少不了各级职能部门功能的实际发挥；同时，对职能部门工作的业务含量、价值含量和创新含量要求也更高。
【理论延伸：直线制和直线职能制是构成其它各种组织模式和管理模式的最小单元。即无论集团公司、事业部制还是矩阵制，基本组织单元仍然逃不过直线制和直线职能制两种模式。在一个管理阶段成熟后，有什么样模式的组织结构，就必然有什么样的管理模式，即组织模式和管理模式是一致的。然而在未成熟时，二者并不一致，往往在组织结构上虽是较高形式，管理模式却仍然是较低级结构下对应的模式；或者说新组织结构对应的管理模式成份还不够多。随着管理实践的不断成熟，相应的管理成份就会越来越多，从而二者逐渐趋于一致，表现为管理水平和管理能力也不断提高。——但前提是如果时间足够的话。】
