新型科研机构或平台的体制机制构造主要包括“内体系”、“外体系”两部分。
内体系是指科研项目管理体系，重点是两项功能：科研项目的组织管理功能和科研项目的业绩管理功能，具体通过课题组组织模式、组织结构、组织流程、薪酬分配和绩效考评体系及相关制度设计，形成这两项功能；
外体系是指常设组织体系和常设管理体系，重点是形成三项功能：一是科研专家库建设、聘用和管理功能，二是科研项目生产控制功能；三是科研项目预算及预算控制功能。具体通过组织结构设计、岗位设计、流程设计和相关制度设计实现这三项功能。
难点在于合作主体的意愿问题解决上。照搬国外科研机构的通行做法，新体制和新机制似乎很好建立，但实际上新科研企业、新科研机制的运行离不开其存在的现实科研环境：如采用新机制运行以后，必然要聘用本单位以外的科研人员，而现实环境是，我国的科研人员都是隶属特定科研机构的，科研人员本身也不愿意成为“自由职业者”；那么，与相应的科研机构的利益、人事、权力等关系处理不好，想要的人根本来不了。结果，新机制运行不了，最终也都只能和其他科研机构一样，自己招兵买马、重复传统科研机构的老路，面临传统科研机构的老毛病。因此，如何解决合作主体的合作意愿是此项工作的最大难点。
