在设计业务基础上发展总承包业务，首先面临的一个管理问题是：院整体业务组织架构和管理模式是什么？设计业务的组织体系是已有的、清晰的，而总承包业务的组织体系还未成形、需要建立。
那么这两个体系的关系是什么：是平行独立关系，还是包含兼容关系？如果是包含关系，那么是谁包含谁？一般来看，有三种典型的组织模式：
总承包业务体系包含设计业务体系，即总承包业务组织体系是一级架构，设计体系变为其中的设计中心或设计部，这是成熟工程公司的组织架构，可作为愿景模式但不可作为起步阶段的模式。
设计业务体系包含总承包业务体系，即完全在当前的设计体制里开展总承包业务。总承包业务是比设计业务大得多的一类业务体，单功能体的组织如何完成得好需要多功能参与的业务？极小的总承包项目、极少的项目数量、机会性做做或许可以，想战略性发展不能用。
平行独立的关系，即在院内构造一个完整的工程公司，不依靠设计业务体系而独立运行。若把所需设计资源纳入到工程公司，则从院资源配置效率看是一种低效方式，搞不好对设计业务影响很大。且即便如此，也存在工程公司如何集成使用设计资源问题——院在这个问题上如果都处理不好，那么留给下面的工程公司就能解决好吗？从那些在院内搞工程公司的实践看，主要还是以项目管理类和采购类资源为主，个别院的工程公司有些建设施工资源，而所需的设计资源并没全部拿进来。
复斯专家认为这三种模式都不宜直接使用，可行的模式将是一种融合模式：总承包业务的管理体系和采购体系是实建的，设计生产和施工建设体系是虚拟的。它是一种平行模式与包含模式组成的融合模式：项目管理资源和采购资源是独立存在的，所需设计资源和组织管理体系则不单独设置，而是虚设在设计业务现行体系中，通过组织接口和管理接口设计实现总承包业务体系的完整构建和有效运行。（具体设计方法与分析见《设计院开展总承包业务工作思路：起步阶段的问题与体制》一文。）
总承包业务实建体系构建时，还应注意：项目管理部门是双重性质的职能部门——既是职能部门又是业务部门。作为职能部门，是总承包业务的“生产经营部”；作为业务部门，为项目提供项目管理资源。成熟工程公司中项目管理部门主要有五个（项目管理办公室或项目经理部、项目控制部、项目实施部、项目采购部、试车和开车服务部），但起步阶段的基本原则是：部门不要多、专业分工不要细、人员实配要谨慎，但所需功能不能缺，管理多个项目的能力要具备。
