转制多年但仍有很多院所业务现状是：业务方向多，但业务化程度比较浅（规模化生产经营程度不高），仍以科研、技术服务、非标产品为主要业务形式；组织现状和资源基础上：主要业务部门以科研业务部门和相关资源为主体，产业类的业务主体和资源比较少，也比较弱。可以说虽经过近20年的转制发展，部分院所在经济体量上也取得很大增长，但在企业主体类型上仍然是“O类主体”——而且集团内的院所这个问题更突出。
（知识补充：业务模式、资源基础和组织形态仍与转制早期相近的科研院所，称作O类主体；以成熟技术、大规模生产经营业务为主的企业主体，如一般工业企业，称作B类主体；在个别或多个专业领域，具有新业务不断生发能力、产品技术升级能力和大规模产业运营能力，实际处于产业链高端的企业主体，称作A类主体。）
当前科研院所面临两类战略性问题：一类是
“同类发展问题”——在O类主体内的发展问题，即如何在现有业务模式、组织模式和企业状态下的更精益发展问题；一类是“非类发展问题”，即向“B类主体”或“A类主体”的资源基础、业务模式、盈利模式、组织模式和管理模式的转变问题。
没有同类发展，非类发展缺乏支撑；仅有同类发展，就永远只能是现有的业务模式和盈利模式，难有大发展的可能。因此，从发展战略的高度看，“非类发展问题”是科研院所的根本战略问题。
