1.主体性质定位问题。像工业企业、金融服务企业等主体类型是明确的，在传统发展模式下科研院所作为特殊企业类型也是明确的。但随着发展，主体类型定位问题开始成为一类越来越需要解决的问题：很多院所近年科研业务回升，加之经过上一阶段产业化后对科研资源重要性的重新认识，大多对科研主体和科研资源进行了重新建构；同时，在技术产品需求加大、受到母公司鼓励等因素下，部分产业进入到规模化建设阶段；还有的利用（所属集团）体系内市场等有利因素，发展设计业务开始成为一个新增长极……
总之在主体类型上，目前很多院所都同时包含了科研院所、产业公司和设计院三种成分。即便以后仍是混合型主体，也要在主体类型上有明确定位和清晰的关系界定，否则会造成目标摇摆、行动迟疑、资源争夺和管理冲突。比如：传统科研业务到底该怎么搞？科研业务虽然带来可观的收入、甚至大部分利润，但对支撑产业所需的科研工作挤占严重。“断奶”显然不明智，但总不断奶、又会使产业化工作总是犹犹豫豫，科研业务好时尤其如此。
2.目标业务模式及其升级路径问题。从科研院所当前的业务基础看，很多都是有科研、有产品、有工程技术服务（工程咨询、工程设计甚至工程总承包）。系统的看，从科研到深度产业经营之间存在广泛而丰富的模式选择，科研院所可对不同的科研成果实施不同的产业经营深度，并配合不同深度的产业化，形成不同的业务模式。
比如，对于科技创新能力强的科研院所，“技术服务+产业片段”可能是基本业务模式，而深度产业经营只是补充形式和相机选择。在该业务模式下，“产业片段”对应着项目经营（产品经营）、项目公司经营（产权经营）和产业经营（产业技术经营和资本经营等各种策略性的对应业务模式）。相比实践中常见的业务基模“技术服务（科研服务和工程技术服务）+深度产业经营”，这类科研院所可考虑在此业务模式基础上丰富业务模式选择，并确定出更加高级的业务模式组合，进而对如何在当前业务模式基础上升级到目标业务模式，进行业务模式升级路径规划。
3.核心能力及竞争性要素培育问题。产业经营能力、研发能力、工程技术服务能力是很多科研院所的三种业务能力，但这三种能力的核心（即核心能力）、构成核心能力和业务能力的关键要素（即竞争性要素）是什么？如何构造和培育？
需要在主体类型定位、体现主体类型定位的目标业务模式定位之后，对这个问题做出清晰回答——而这也将对产业及设计类业务的年度经营工作和建设工作给出直接指导。在核心能力的构造时，要特别注意其与业务能力之间的关联性，以利于相互强化。如业务能力中研发能力及其产业建设过程形成的工程化能力，同时为设计类业务形成了工程服务能力等。
4.现阶段业务模式及其组织架构问题。在目标业务模式参照下，明确现阶段业务模式，并设计定型出现阶段组织架构（详细研究参见《科研院所产业化发展：组织体制与组织架构》一文）。
总之，在科研院所发展战略工作中，一类是比较常规的，也是现行战略理论研究较多的，如详细的环境调研分析、制订经济目标、制定战略举措、制订相关支撑战略等；另外一类是特殊的——传统企业类型（如工业企业）一般不需要、现行战略理论也很少研究的工作，如主体类型定位、业务模式升级等。根据复斯对科研院所的战略研究，认为当前在发展战略工作中应首先解决特殊战略工作，尤其要对四大战略性问题给出明确回答。
