我国经济发展进入新阶段，技术在市场竞争中的地位愈发凸显，无论是早期转制还是新近转制的科研院所都将面临新一轮发展机遇。尽管如此，升级后的市场也提出了更高的要求，加之转制科研院所长期遗留问题此前并未彻底解决，要抓好这一机遇应在四项管理工作上做好准备。
发展模式。社会上很多企业，都是因为技术或业务种类过于单一，而苦于寻求新的发展方向；但多数转制院所的战略问题有所不同，患的是富贵病——是技术和业务种类太多了。所以，转制科研院所必须对现有的技术和业务进行分类，但这种分类的目标不是简单区割、而是建立在更多维度关联基础上；然后，根据各类技术和业务的特点确定出明确的业务组合，也可能是组合成某种新商业模式；最后，针对业务组合中的每类业务分别进行业务发展规划，进而才能合理配置资源。（相关研究详见《战略新规划：解除转制科研院所进一步发展的行动困境》一文。）
经营模式。经营模式，主要考虑的是内部资源和外部市场之间的联系方式，如市场营销体制如何设计、每个业务部门在市场营销体制中的地位和功能如何、相互之间如何分工和配合等，好的经营模式更有利于战略目标实现。但实践中，很多科研院所都没能有效转型，其中一个很重要原因就是缺乏适合本院所的、企业式的有效经营模式。有些院所设了市场部，但业务部门在经营中的作用并没得到发挥、经营效率不高，效果是只有个别部门转型了而绝大多数部门的经营模式并没有转型；此外，很多院所转制后仍开展着传统科研业务、有些甚至占比过半，完全不同的两类性质业务（一类具有一定垄断性、甚至指令性而另一类面临较充分市场竞争性）所需经营资源却大量重叠，这也对转制院所经营模式构造提出挑战。（相关研究详见《打开商业模式黑箱，突破科研院所规划不实、改革不灵的行动困境》。）
组织模式。经营模式是通过企业内部资源的相应组织实现的，所以必须要有匹配的组织模式。好的组织模式要在整体上设计出有效的组织架构，从而在组织架构内设计出有效的业务运行方式和流程。但在组织模式设计上，产业化组织模式如何选择，是转制以来一直的难题。由于需同时完成好应用研究、工程化、产业孵化和规模发展等多项创新发展任务，且每项工作用传统组织管理理论进行设计都是困难的或者说不适用的，所以导致实践中最好的情况也只是解决了其中某一项，更多的院所甚至连一项都没能真正做好。（相关研究详见《科研院所产业化发展：组织体制与组织架构》一文。）
管理模式。发展模式、经营模式和组织模式的最终实现都离不开人，所以必须在激励和约束等管理手段上进行相应的设计，以保证组织模式和经营模式的实现并最终实现发展模式。当前企业界的普遍共识是，比职能人员更难管出效率的是技术人员、研发人员，更何况转制院所聚集的是大量高端技术与研发人员。——这既是转制科研院所最具竞争优势的方面，也是有重大效率空间可以释放的领域。（相关研究详见《内企业家管理模式：科研机构建立高绩效科研管理体系的良好选择》一文。）
