首先，在性质上原为研究性的事业单位，以提供公益性的服务为目的，组织环境相对封闭和稳定。职工也在该环境中形成了相应的观念体系和组织角色，且早已定型化，如终身雇佣、论资排辈；转制后成为市场经济主体，以追求利润最大化为主要目的，因此要求员工具有价值意识、市场意识等。这在本质上与原事业单位显著不同，由于与原心理状态和组织角色反差较大，很容易造成冲突。
其次，转制后业务内容发生很大变化，从原来以科研为主转变为以经营和生产为主，为适应业务内容的变化、完成任务，需要改变原来的业务组织方式和管理方式，这同样要求员工进行角色转换。如由于原来的许多科研工作可由某个技术人员单独完成，因此技术人员经常是独立工作者、整个组织也更加扁平化；而转制后的许多经营生产工作是要建立在组织化分工基础上的，岗位体系丰富了、组织层级增加了，领导与被领导的关系明确且实在了，对此科研人员在观念上也不容易接受。
观念问题的存在，首先影响科研院所性质转变，如虽已转变为经济性市场主体，但还经常无形中把很多非经济工作摆在前头；其次，影响组织转型的成本和速度，不能迅速地建立起明确的职责分工体系，形成有效的业务和管理流程；另外，可能导致个人的角色和组织需要之间冲突，激发内部矛盾。
