这个问题是由于科研院所性质变化及对未来发展方向、发展方式不明确导致的。在事业体制下，科研院所主要为行业建设、行业管理服务，院所有关费用包括驻院/驻所机构的费用也由国家计划拨付，因此不存在驻院所机构的取舍问题。
转制后成为独立的市场主体，而驻院/驻所机构在国家取消对其拨款后，其对院所当期经济贡献较小，很多甚至成为负担。
但是目前很多院所未来发展方向、发展方式不明确，还难以评估驻院/驻所机构对其未来的整体意义和经济价值。如以某安全环保领域的科研院所为例，若该院将来把自己定位为一家安全环保领域专业品牌经营公司，那么这些驻院机构很可能会增强该院在行业和具体业务领域的竞争地位，从而成为其进行品牌建设的最有效工具，因此驻院机构的意义和经济价值就非常大；反之，若该院仅定位为一般性的产品生产企业（或事实上只能战略实现到这样的状态），那么保留这些驻院机构的价值很小，尽早剥离可能更明智。
因此驻院/驻所机构的问题，首先是院所的发展方向和发展方式问题；其次是在院发展方向和方式明确后，对其的价值判断和有效利用问题。现在，这些问题在大部分院所都还没得到比较明确的解决，导致在处理驻院/驻所机构方面表现得比较犹豫——投入不足、关注不足、价值发挥更不足。
