转制前，科研院所经过几十年科研积累，形成了较为丰富的科研成果和相对优越的技术准备；实施转制后，科研院所首先面临的严峻问题是：技术和技术成果如何向市场转化。通常认为科技人员的市场积极性是解决该问题的关键，因此在转制后大部分院所都采用了这一思路：通过提高人员积极性，推动业务的发展和自身的市场化进程。
为实现这一发展思路，科研院所在组织模式和管理方式上进行了相应变革：
一是在专业所和课题组的基础上，科研院所变革了组织模式，相继成立了一个个独立的业务部门，这些业务部门被称为业务部、事业部、产业部或分公司等，但性质上是一样的；
二是在管理上，都在较大程度上赋予了这些业务部门比较完整的经营和生产的自主权，并通过提存或利润分成方式提高业务部门的积极性。
每增生一个业务部门，就在一、两年里较大程度促进了相应专业的业务发展；科研院所转制初期有大量可供增生业务部门的资源，能不断增生新的业务部门。为此，科研院所通过这种“增生→发展→再增生→再发展”的方式，推动自身发展。
案例：某院采用“业务部门公司化”方式进行增生发展。该院转制后，采取的发展模式在本质上也是“业务部门增生式”发展模式，但其与一般性做法又有所不同：该院直接在专业所和课题组的基础上将业务部门组建成“子公司”，其中１０个主要业务单位中有７个已经是“公司”了。
从理论上讲，“公司”本质上是一种组织形式，“业务部”和“课题组”本质上也是一种组织形式；只是“公司”这种组织形式比“业务部”和“课题组”更先进。如果将“公司”的生产部分比喻成“工厂”这种组织形式，“业务部”就是“工场”，“课题组”就是“手工作坊”，如下图所示。
但实际上，该院子公司在组织形式上并不具有理论意义上的特点，除了法律意义上的差异外，和“业务部”并没有很大的差异。由于这些子公司实际上都是从课题组直接跳升而来，中间没有经过类似“业务部”这样的组织培育阶段，在实际的业务组织过程和管理过程上和其它科研院所“业务部”的做法几乎一样。因此，该院在采用“公司化”增生方式上，和其它科研院所的“业务部门增生”方式，在业务组织方式和管理方式上并没有实际区别，更没有高级化（针对该发展模式优劣的具体案例分析，详见《中南安全环保公司项目预研案例研究》一文）。
