国家最初希望转制科研院所成为创新型企业。
但大部分科研院所转制后要么越来越弱小、勉强生存，要么虽然从规模上有很大突破但基本都走向一般生产制造型企业。这两种情况下，科研资源严重削弱、科研管理也明显退化——而相比之下，军工类院所或划入集团的科研院所，其科研力量则保持的相对较好。结果到后来，只能将这些独立科研院所再次划归给大型国有集团。
失败原因：技术创新环境不具备，创新型企业过少。
进入市场后，科研院所虽然压力大了，但压力大不一定就能搞出科研，结果是往后跑、滑向低端产业。改革时机过早，技术创新环境不具备：那时企业发展方式非常粗放，在这样的产业体系里，科技真的会给企业带来额外的收益吗？——可能有但远不如房地产及其它投资；科技真的会给企业带来产业的竞争力吗？——长期是但短期未必。
从个人消费品看，比如微锅炉，你的技术可能可以生产出更高技术质量的产品，但外观设计可能还不太好看，而格兰士等为代表的中低端制造企业可以生产非常廉价的、技术水平偏低的产品。在当时人民生活水平、消费水平和消费观念（要么买便宜的要么就买进口的）下，科研院所的产品很难得到市场认可，它活不下去。——当然，这也与国家对产品质量控制的最低标准设置和管理有关。
从面向企业的消费对象看，技术服务对象是企业，但这些企业没有需要，看不到技术的价值。这样的市场环境下，科研院所只能自己生产出完整的产品，而不能依靠技术本身求得生存。创新型企业过少，依靠科技进步的企业过少，导致转制科研院所和其它科创企业的生存或者说消费环境恶劣。
现在虽然环境有所改善，但很多科研院所元气损耗过大、无力仅依靠自身发展成创新型企业。
当时，整个社会对技术和创新不相信、不渴望，现在明显更真心真意，得到科研院所往往如获至宝。现在外部环境虽然有所改善，但科研院所元气已损耗过大——科研资源弱化、科研跟踪断裂、科研人员断层、科研能力退化。当下看，这些科研院所自身大多已不具备直接发展成为创新型企业的基础。
国家改变策略后将科研院所都并入大型集团，但这些集团在改造和利用科研院所时应注意到其特殊性。
当前，一些科研院所被并入了大型国企集团，但这些集团是否有这个耐心让它们恢复元气，可能来了就想“摘果子”——要成果、要产出。面对经历过十多年独立发展艰辛后的科研院所，应在改造和利用时关注一些特殊方面：
一是，需要在构造集成创新体系时，首先在科研资源和科研管理上增加投入与关注。虽然这些科研院所的科研资源弱化严重，但相比集团内其它主体，科研院所对科研过程、科研理解还是丰富得多、深刻得多，但目前也必须加紧恢复。——这也是很多新建的中央研究院，即便调派精兵强将、大力投入，也很难在几年内取得任何实际成效的原因之一。
二是，要处理好科研院所自带的产业公司。科研院所原有产业公司应定位在为科研需要而存在的产业，衡量的标准也不是这些产业的规模、利润等。树立对科研成果、科研人员的尊重，而不仅仅是靠经济激励。具体讲：对于新技术或集团暂时没有的产业方向，走到产业孵化状态，然后衡量其价值（并不一定就是给钱，关键是衡量价值贡献）转移给集团进行大规模产业发展；对提升性技术进步，这种产业最好不要自己做，而是为当前集团中已有的产业公司提供科研成果。
