在认识上，当前科研院所和科研人员的历史包袱很重：第一，以前失败原因尚未厘清，共识程度低——尤其表现在产业化发展模式方面。此前各种做法失败的原因没有得到根本、共识性的解释，再行动缺乏前提；第二，在缺乏更高层次认识和指导情况下，长期停留在争论、怀疑和犹豫不前的状态；第三，认为各种模式都用了、各种方法也都尝试过了，不相信能有什么新理论、新方法或新认识可以解决问题；第四，环境竞争压力与发展现状使大家日益感到恐慌。
比如，院所中高层常有这样的困惑：科研院所作为一类物种是否有存在的合理性？——小的有创业公司，大的有产业集团，自身所属的集团也在组建新的科研主体，科研院所是创新主体的中间物种，长期存在的可能性、合理性很成问题；
再如，“民营企业机制活，我们也没太大优势”——绝对优势的思维；“军工体制下发展民品业务，论证的结果可能是没办法”——归因体制的倾向；“找不到一种（产业子公司）股权结构能让各方都有积极性”——根本方案的理解等。
不破除上述组织心理障碍及其背后的认识障碍，就无法转入到面向未来的行动上。科研院所在编制战略规划时，应结合自身就若干认识问题进行高水平分析，并形成明确结论，用更高层次的发展理论解释历史、指引方向。——只有通过战略诊断实现统一认识、提升认识，才能凝聚更广泛的群体、以更好的知识准备和更建设性的心态参与到战略制订中（相关研究详见《战略新规划：解除转制科研院所进一步发展的行动困境》一文）。
