当前企业创新体制改革，基本功能单元过大，缺乏功能包深度打开，致使创新发展的业务系统长期变化不大、运行在低功能区。创新功能只有细化，企业顶层组织的业务功能才能实化，体制改革才能深化，科研阶段出不来技术成果、孵化阶段形成不了新产业等问题的解决方案，才能强化。
横向功能逻辑下，体制改革难以深入
尽管很多企业在创新体制改革上已经尝试或同时尝试了多种模式，但难言效果，距高创新、快创新实践要求则更远。期间，有些企业也试图转而向机制发力，但在创新体制这一基础工程没打好情况下，机制改革的要求更高、也更难见效。体制改革为什么迟迟难以有效突破？根本原因在于企业一直在横向维度的体制改革上打转转，而在纵向维度的体制改革上知之甚少、行之了了。
无论是在创新体制上探索较早的转制科研院所，还是当前实践主力各类大型实体集团，在横向功能逻辑下思考创新体制是其当前的共同实践特征。一个完整的创新过程常分为：科研阶段（A）、产品研发阶段（B）、孵化阶段（C）和产业化阶段（D）四个大的环节。围绕这四个环节的功能实现搭建创新体系，是创新体制思考的最基础逻辑。在我国，大部分实践中的常见体制都可据此观察和分析：如“A+BC+D”是一种常见的三级创新体制，其功能由集团直属科研机构、二级板块和三级公司依次承担；“A+BCD”是一种以中央研究院为核心的集中创新体制，科研阶段以外的创新工作由子公司负责；“ABCD”则是一种典型的子集团创新体制，属分散创新体制，所有功能均由相应板块的子集团完整承担；此外，实践中还存在其它很多变体模式与组合模式（相关研究详见《科研院所产业化发展：组织体制与组织架构》一文）。
尽管这种沿着创新过程、以横向功能逻辑思考体制改革很必要，但毕竟太过基础，它仅是组织设计和体制改革的一个维度——横向体制改革；在每个阶段内或每类功能里，如何将功能进一步作纵向分解与配置，是组织设计和体制改革的另一个维度，也是创新发展体系建设达标的必须维度——纵向体制改革。这里的横向维度与纵向维度均指对创新“功能体系”的分解逻辑，而非指“组织体系”的横向与纵向，因此在横向维度下的“A+BC+D”等模式同样可以纵向配置在不同组织层级。
因对创新功能体系的认识缺陷，体制改革一直以来都集中在横向维度上，纵向维度体制改革严重滞后，表现为：创新发展的功能包打不开，组织设计的基本功能单元过大，体制改革思考难以深入。
四个创新阶段，每个都是很大的功能包，都包括多层次业务活动类型，是内涵复杂创新实施工艺的二级业务系统。其中，既有最基础的实体性实施活动，如那些由最终承担者实施的科研计划、试制试销计划等——在组织上常对应专业组、课题组、研发团队或试制车间等基本作业单位；也有很多高级业务活动，如创意、策划和再定义创新目标物，针对系统性问题研究提出具体技术思路和解决方案，对多产业及其技术关系进行综合谋划、系统设计与持续调整等——此类高级创新活动往往需要由基本作业单位以上的主体承担。对基础实施功能的设计一般在横向功能维度中可以得到基本实现，创新体系纵向功能维度的设计重点则在于分解、识别与配置高级创新业务功能。
此类创新发展高级业务活动或缺失或开展质量不高，导致企业上层组织“职多、务少”——职能管控类活动多、高级业务性活动少。“务”的缺失，使“职”的行使缺乏价值基础，结果职能部门在工作中也必然面临一个悖论：浅则无用，深则干扰。高级业务功能及其相应的创新活动，是创新发展体系的重要构成，且必须要由能级更高的组织承担——仅让下面做、给下面压担子或采用市场化模式推，是行不通的。
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