课题承包制之类的科研管理模式，是我国很多转制科研院所采用已久的做法，他们对其有很深入的实践和极深刻的体会。该模式是把双刃剑，优点和缺陷都很突出。
走到今天，一方面转制较早科研院所仍在继续谋求对课题制改革和实质突破；另一方面，在举国创新气氛下，一些大型集团、新型研发机构和那些新近转制的科研事业单位又在提倡和推进着类似做法。
下面对过去课题制模式的实践情况和改革问题做简要总结，以利于不同主体在新发展背景下建立起更高的改革思考起点。
课题制缺陷与当前科研工作面临的矛盾
传统上形成的科研业务模式在不同科研院所有不同叫法，如课题制、课题组长负责制、课题承包制等。其在管理本质上，是科研业务的“业务管理模式”，包括科研业务经营模式、科研业务生产模式和对科研主体的管理模式。管理特征是，把课题组作为一个基本的经营单位、生产单位和盈利主体。
科研业务一直用课题制模式很难做大
技术上互相设防。很难在全院/所范围或相应专业范围内，形成互相贡献的科技创新增长的发展模式；互相间在技术上都有所保留，在内部不愿意分享和交流。在机制没理顺情况下，出于自身利益保护所采取的这类行为是博弈的结果，是规律，很难消除。
经营和生产上“作坊化”。不会建设性的建立营销网络，生产上也是小作坊，盈利上没有太大压力时就小富即安。很多时候也不愿做大，做大就拿走了——无论是院/所对课题组，还是集团对下属科研院所，都存在这样的问题与矛盾。
课题制已成为科研工作开展的阻碍
课题制的这种现状在以往也许问题不大，但继续下去不行，因为大产业化的项目逐渐开始需要科技投入，如再不投入，原来的产业走到一定阶段后，由于缺乏二次技术创新能力，后劲越来越不足、甚至萎缩。
在技术上，由于研发有周期、创新有反复，不尽早在相对好的时候就进行投入，没有技术储备、甚至在研项目都还没有实质性启动，那么这样的产业项目无论一开始多么风光、现在多么鼎盛，都不会走长。与上世纪70年代前不一样，市场空白多，技术十年、八年不变，抓住一个产品就可以做十年、二十年；现在要发展、甚至要生存，技术创新、乃至自我否定性的技术创新，都是必须的。
一旦想做这项工作时，就发现课题制模式根本满足不了产业化创新项目需要，二者完全不同。若是基于产业化项目的创新，创新项目工作模式比较复杂，是五个成熟度共同的交织性工作、探索性推进、系统性提高的过程；而传统技术服务项目完全不同，它是满足特定对象需要的，技术不需要很成熟（详细探讨见《产研结合的血脉：五个成熟度》一文）。
课题制改革思路与行动障碍
由于科研工作做得不好，满足不了产业化需要，很多科研院所认为是课题制模式影响的，于是想改变现有课题制模式。
要全部转到大科研模式，即将科研管理模式改掉，变为：经营上，是院/所级层面的大经营；生产上，不能说达到大生产，但至少也不能是小作坊，而是要建立在一定生产平台上的生产组织和管理。因此这种课题制改革，本质上就是改变传统科研业务的经营模式、生产模式，并把作为科研主体的课题组从利润中心（主体）变为费用中心（主体）。
实践教训与行动顾虑
某研究院很早前就想把课题制改掉。该院以往主要做仿药（过专利期药品），后来利用国家政策和集团投入建立了新药中心。该中心有50～60人，重点做创新药，按大科研模式做，费用由院里出（其中绝大部分实际来自国家纵向课题经费），课题组仅是工作的组织单元，课题组长不用考虑如何跑项目、如何养下面人员等。几年后发现这种做法也有问题：新药中心投入很大，但创新不出成果，结果慢慢的创新中心也走到仿药上去，又回到传统课题制模式。——那些建立中央研究院较早的集团，很多当前正在经历这样的过程。
再如，某研究所在2013年就在思考这个问题。当时，该所每年有6000多万的国家课题，基本能把科研人员养活的很好。但该所很想做大真空泵产品，该产业虽竞争激烈但空间很大，于是所内自立课题，但申请不活跃，且受传统科研业务挤占，真正在所想要的科研工作上进行技术创新投入的人很少。于是该所领导一直在想：能不能“断奶”？纵向课题不要了，把大家都赶到这方面来……
对于课题制模式要不要取消，存在争论
取消了，担心院/所养活不了那么多人，这是经营能力问题、积极性问题。原来就是因为经营问题、养活人的问题才采用了这种较低级的模式，现在取消自然担心经营下滑和生存风险；可不取消，感觉走不到大科研上去。——其实即便课题制模式改了，基于大创新的科研项目是不是一定能够干好呢？只能说改了有利于干好，但需要条件，需要结合而不是取舍（详细探讨见《科研模式改革：困境与出路》一文）。
站在两类科研的认识高度上，思考课题制改革
要解决课题制改革的行动困境，需要首先甄别一组概念：科研业务与科研工作。
科研业务与科研工作
科研业务的目的是为了当前的经济效益；无论是纵向课题还是横向项目，承接的时候如果不加选择——不管是否符合院/所技术发展战略定位，能拿来的都拿就是科研业务；这类业务的服务对象是别人，不是院/所自己的产业化；投入方式要么是国家，要么是所服务的其他单位（包括集团内部或外部企业）。
科研工作是服务于院/所自己产业化发展、自身发展战略、自己的业务，不仅包括现有的已规模化产业，还包括处于各种成熟度阶段的孵化中产业；投入方式，主要是自有资金投入（国家等外部主体的投入是辅助和补充）。
科研业务与科研工作可以融合发展
科研业务与科研工作虽有区分但也并非不能相融，如果管理好了，科研业务也可以成为对科研工作的促进。如在某个范围里尽量承接与院/所技术发展战略或技术创新方向能靠上的、有关联的、有所拓展的项目，这样的项目承接过来既可以作为科研业务，又可以作为院/所科研技术储备和研发工作来单独立项。
科研业务完全在课题制模式下不行，若在院/所顶层管理上没有加以管理，他们就是自由经济、底层经济、没有重点。课题制需要改造，且存在丰富的渐变模式：从最低级的课题制到项目管理模式，项目管理模式中也有很多程度，从项目承包制、到利润提成方式、再到公司式运行模式，中间有很多台阶。这些都是改革课题制模式的设计空间、也是升级空间（详细探讨见《科研项目组织管理：现实缺陷与目标模式》一文）。
作为管理模式，课题制改革需要业务模式与经营模式升级
如果经营上靠“他”经营，那么“他”的权力自然就最大——谁能带来业务，谁能养活谁，谁就能够管理谁。管理模式是业务模式、经营模式的后向环节，业务模式和经营模式很高级了——经营模式上是院/所在贡献，那么管理模式不改都能改掉，不改他们也听你的、课题制名存实亡；如果前面没变，管理模式也不用变，因为变了执行力也很差，实际上也行不通。
尽管如此，在课题制模式下仍然有很多组织管理上的机会和空间供选择，从而在各层面主体之间搭建成利益一致的行为主体。用什么样的体系、机制和经济管理模式，让个人到课题组、到研究室、再到院/所，在各类主体间多个方向上形成包容性机制？在管理上是可以努力的。
要回答课题制要不要改的问题，需从三方面思考
第一，将科研业务和科研工作区分为两类不同的工作。
第二，对科研业务而言，课题制存在有特定阶段的合理性。“特定阶段”不是指特定的时代阶段，而是指特定业务阶段和特定经营阶段。如果业务阶段和经营阶段没变化，课题制的改变就是有风险的，或者说不必改变、不应改变。如某研究院现在有系统业务、重点单体业务和一般单体业务，那么做一般单体业务用课题制就可以了，系统业务和重点单体业务用课题制就不行、一定得改；这样改实际是构造了两个模式的质量竞争：因为最终都是由各课题组来做的，如果院/所拿来的业务经济价值含量更高，那么课题组自然愿意从院/所手中拿而不是自己到市场上跑业务。
第三，科研工作要会做。业务等客观条件具备了，还有一个条件就是大科研的科研工作也必须会做，否则课题制也不能改，管理能力上硬拔高行不通（相关探讨见《科技创新项目实施模式转型：从“技术目标模式”到“业务目标模式”》一文）。
