当前很多企业科技条线的业务领导和行政领导都是从专家中选拔的，就当然的认为已经是专家治理了，这是很大的误区。
专家治理的实质是“专业治理”，尽管很多企业当前科技体系各级领导、项目各层次负责人由专家担任，但所实现的仍不过是“专家官僚治理”；更何况，当前专家治理还主要是用于专业体系规划与建设、科技人员选拔与培养、专业职称评定等建设和管理类方面，即便用在科技体系运行上，重点也是为了提高管控力（定指标、考评）。这种情况下，专家治理对企业当前科研体系运行（在研发力的提升上）难有实际改善作用，就不难理解了。
专家治理是科技体系运行的功能性构成，企业要完善科技创新体系，当前还需要形成配称的专家治理体系。尽管赋予科研人员决策权等改革工作也属专家治理范畴，但建立适应新型科研模式的专家治理体系不能仅停留在选人、用人和权力调整上，至少还需要：在治理方式上向专业工作方式转型，在治理体系上形成基于三类治理主体并满足科技创新过程“变”之需要的治理结构。
治理基础Ⅰ：专业工作方式——专家治理并非专家去治理
专家治理不仅要看什么人在治理，更要看治理的人是如何治理的——治理方式在根本上决定了治理性质。无论从过程还是结果观察，当前专家型领导遇事、处事与传统行政性领导并无实质差异。
专业工作方式是专家治理的重要工作特征。专家治理的本意或实质是专业治理，即专家以专业工作方式而非其它方式（如行政或其它非专业方式）实施治理，是“专家式”治理而非仅是专家去治理。在专业治理体系中，专家都是以本专业对应工作方式实施治理的，数学专家按数学专业的工作方式、机械专家按机械专业的工作方式……因此，专家是否按本专业应有的工作方式实施治理过程、发挥治理作用，是实践中辨别治理性质和分析治理效果的关键（相关研究详见《科研工作体系的脆弱性与伪装性——亟待开拓的管理新视域》一文）。
“专业工作方式”对创新至关重要：因为即便专家给出的是专业意见，但如果其形成过程不是建立在专业工作方式上，就仍不是创新所需的专业治理。越是创新性工作，来自其它项目或以往的工作经验就越可能误导、甚至有丢包风险（错失重要细节或发现机会）。而真正从事过科技创新的人都知道，能带来发现与创造的大量价值源头都在具体科研工作者身上，然而这些具体工作人员所感受到的诸多细微情境、研究心路、思考空域等，又难以短时间简单通过语言或报告方式完整传递，所以就需要：充分尊重具体工作者，让其话语权得到充分保证；以专业方式共同复盘、推演，使工作基础、条件和目标更清晰；共同讨论的结果也只有得到具体工作者的认同，才可以作为当下结论和后续管理的基础来使用……能做到，就是专业工作方式；做不到，很大可能还是官僚工作方式（权威主义方式）。
当然，做到这一点很难，而且也不只是难在认识和方法上——因为专家型领导很多在就任前多半也都是这样工作的，而是：难在内在倾向上——需要作为专家的治理者听得进质疑、保持住耐心、戒得掉经验主义；难在科研工作体系的建立和完善上——需要以科技项目实施体系和整个科研模式的转型为前提条件。若不然，就会面临“专家一当官就异化”的问题：从专家应有的专业工作方式异化为行政命令等权威主义方式。而一旦工作方式异化了，治理性质和工作实质也就变了——从专家治理异化成“专家官僚治理”。
治理基础Ⅱ：生产性参与——专家治理与专家科研两位一体
在科技体系运行中，专业治理过程需深度参与到、甚而融合进科研工作中，离开生产性功能，“专业工作方式”就会失去赖以存在的工作条件。
从根本上看，承担科研任务、从事实际科研工作，是履行专家治理权的业务基础。凭经验或通过汇报等方式，专家往往难以给出真正有助于问题解决、保证创新质量的意见或决策。深刻的问题认识、优秀的创意和思路常来自科研工作的具体执行过程，同样，高质量的科研决策也更可能出自专家的亲历——深度工作参与、对研发情况有连续性掌握、不间断的探索性思考和讨论，且越是需要高创新的科研工作越是如此。
因此作为专家的治理者需要“生产性参与”，即直接完成业务工作，而非仅做管理性工作或咨询式参与，表现为提出更好的创意、做出更优秀的技术方案或实施计划、解决实施中的技术问题等。也就是说作为专家的治理者，首先要作为专家级科研人力资源发挥作用，然后才是在此基础上发挥业务领导作用。
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