完善产品开发体系，是一些转制科研院所当前强化研发工作的抓手之一。但由于其现有产品开发体系主要是仿效大型先进企业建立的，与科研院所自身的适配性低，尤其表现在：研发项目“管控体系”的成分多，研发项目“实施体系”的内容少；且在此现状下进一步细化（如加强项目分类）或延伸（如向生产阶段拓展），因仍属研发项目管控体系内的完善，难有成效。
转制科研院所由于特殊的形成背景、资源与业务禀赋、现有组织和管理方式，其完善产品开发体系有明显的个性，应置于多系统关系下做升级性思考与设计。多系统关系主要包括：
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研发项目管控体系与研发项目实施体系的关系；
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产品开发体系及其生产和经营，与发展体系的关系；
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产品研发体系与企业技术发展提升体系的关系；
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新业务系统与现有业务系统的关系。
在多系统关系下升级产品开发体系，自然面临很多复杂管理问题，复斯专家认为一般需思考和处理以下五个关键点：
①产品开发体系建设重点：提升研发力。项目管控体系和项目实施体系，是产品开发体系的两个组成部分。其中，前者是“职能系统”，重在提升“管控力”——满足院（所）级和职能部门管控需要，主要保证进度、费用和质量等的可控性；后者是“业务系统”，重在提升“研发力”——满足具体研发执行主体工作需要，主要保证项目的可行性（客观上有实现的可能）。研发力是基础、管控力是配套，转制院所当前尤其应以“提升研发力”、形成更切实有效的项目实施体系为改革重点（相关研究详见《科研项目实施体系：三个维度与三种成分》和《科研项目实施体系：设计任务与解决方向》）。
②在产业创新发展的整体系统中，综合处理产研关系。很多转制科研院所当前的产品开发体系，仍是典型的两阶段研发模式——先技术研发后产业化。因而极易导致研发成果要么缺乏真实商业价值，要么技术成熟度实际严重不足（表现为成果转移/转化问题），且考评依据难确定、管控手段难施行、奖惩办法难落实。对此，必须放在产业创新发展的完整体系中综合处理科研与产业的关系，在五个成熟度共同提高的工作框架下完善科研及产品开发环节的工作内容体系（相关研究详见《产研结合的血脉：五个成熟度》和《重大科技创新项目实施模式转型：从“技术目标模式”到“业务目标模式”》）。
③在管理性质上区分“科研工作”与“科研业务”，并处理好二者关系。服务于自身产业的是“科研工作”，一般需自己投入经费；服务于别人的是“科研业务”，可带来当期业务收入。虽然都是科研，但性质不同、要求不同，因此管理难点与解决思路也不同。然而在很多转制院所中，两类科研混同开展、把科研工作当科研业务完成，是长期存在的问题。表现在具体研发项目上：成果长期停留在样机或工艺不定型状态，（科研）业务单位和科研人员对转化及后续生产与销售环节不关心、更不会额外投入（相关研究详见《科研院所的科研模式改革：困境与出路》一文）。
④在体制上处理好分散与集中的关系。多数转制院所采取的是分散经营体制，其激励结构和组织运行体系不利于产品研发与新业务培育——往往需要适度集中。（科研）业务单位“重业务、轻研发”问题非常突出——名义配置在研发项目上的科研人员即便很多，实际工作中的投入仍会不足，科研质量和进度并无真实资源保障，“研发力”从根本上被削弱。当前，需要在现行分散经营体制下思考产品开发体系的完善空间与方向（相关研究详见《科研院所产业化发展的业务模式：两类业务关系处理与“双经济形态”》一文）。
⑤技术体系：处理好技术发展与技术使用的关系。前四点都是研发资源与能力的使用问题，但如果当前的研发能力并不高（尤其是相对于客观需要和竞争环境而言），即便使用问题解决了，“研发力”仍会因缺乏基础而难有竞争力。因此，还应考虑技术体系建设及其发展提升机制的形成，且越早越好。在产品开发体系设计中，应埋下技术发展的根系——包括与两类技术线（专业技术线和产品技术线）的管理融合，以及与产品线的管理对接等（相关研究详见《企业科技创新体系构造：两类技术线运行逻辑》一文）。
