新型举国体制关键在于实现“有为政府、有效市场及其二者的实际结合”，但在具体构建上，现在面临的矛盾之一是“新型举国体制的实施要求与当前科技创新任务无法匹配”，亟需加深认识并积极探索和解决。
科技项目按“成果集成”实施需要前提——传统举国体制的有效与失灵
过去主要靠“有为政府”就成功完成了很多重大科技项目，从具体项目实施过程看，当时重大项目基本都是通过分解模式实施的，即把整个项目分解成多个独立的二级项目后，再组织相关单位（包括企业）来开展。那么后来，尤其是现在为什么再用这个模式又不灵了？
因为当时的项目从性质看都属于工程研制类项目，且要么有（别人现成的）设计图纸、要么引入了内化相关科技知识的大科学家，所以对目标任务分解后各单位可独立开展工作，相互的技术接口明确、交互少——即可按“成果集成”的工作模式进行项目组织。
然而现在，一方面创新度不断提高，创新起点不断前移（基础研究成分增多），涉及的技术线更多；另一方面不仅没了图纸，且由于国际环境等因素获取内化了相关科技知识的产品或人员也更难。这意味着，所有重大科技项目被迫转化为绝大部分都需要自主研发的项目。此时项目如再按成果集成工作模式组织，就会出现严重的实施问题：首先是各主体直奔目标物的创新过程时间太长，短则3、5年；而终于等到成果都出来了，又发现根本对不到一起、必须回头改，结果这么一反复时间就更长，且中间也没形成什么技术积累……这些都是因为过程的高度不确定性导致各实施单位无法真正的独立工作，从而增生出大量系统性的科研业务活动和项目管理工作，也就是说客观上此时已经需要按“过程集成”工作模式组织项目了。
总的看，由于任务对象特性和外部环境改变，导致传统举国体制的实施前提已不再具备。
确定项目一级管理主体遭遇两难：“有效市场”做，还是“有为政府”担？
过程中（尤其是2000年后），我国一直在探索对传统举国体制的改进，尤其是重视和加强了对重大科技任务的多实施主体的过程协调与管控，集中体现在2018年国家机构改革中对科技部的重新组建及其职责调整上，那之后科技部承担了很多业务管理和一级项目管理工作。但从实践结果看远不及预期，主要因为：
为适应产业需要与新的科技发展特点，此时重大科技攻关项目在过程组织上基本都改为以中间的阶段性综合成果为标志，不像以往那样可以直奔目标物，而是一代、一代的推进。其管理含义是：在完整的项目被分解和分工后，因创新节奏加快而使开展过程中出现的各种变化增多、也更频繁，一个模块（子项目）研究推进经常需要其它模块做出响应，并切实在技术上予以匹配，即过程集成工作模式的程度在加强。这意味着对项目一级管理主体的工作内容和工作要求都增加了，而以科技部为代表的政府系统受制于自身工作资源的特点及其工作方式等限定，在具体项目的管理和协调上想满足这种要求是极为困难的——从理论角度看，是项目实施体系出现了严重的“脆弱性问题”和“伪装性问题”。
从本次（2023年）国家机构改革看，新型举国体制的一个重要做法是，科技部不再管项目（准确讲是不对项目实施“业务管理”但仍负有职能管理责任），而近似于总承包的模式、让一个市场主体承担。含义是：由一个企业作为项目的总包单位完整负责实施过程，这样所有的一级业务性工作都可以在一个项目包里，政府不用再承担具体项目的业务管理工作，而只是纯职能管理（含行政管理）的行使过程——从而可以从管项目转变为管主体。
但现在科技创新所面对的任务结构是：重大科技攻关项目都涉及到过大的技术系统与资源以及过多的主体，类似芯片、大飞机等都动辄牵涉成千上万家企业，所以除非能划分成更小的二级项目，否则在我国当前的市场化水平下，这么大的任务总包给企业是不现实的。可若划小，那么项目一级管理主体的工作就需要由科技部或其它部委来承担，结果又绕回到传统举国体制的困境中。
因此，现在的难点是：新型举国体制的实施要求与当前所要实施的科技创新任务无法匹配。只能在过程集成工作模式下实施重大科技项目，要求必须有项目一级管理主体，但显然又不能直接给企业做——找不到也构造不了这样的企业，而由政府承担，从以往经验看都一直没干好。“有为政府”和“有效市场”在项目实施体系上的边界确定，是新型举国体制的设计和实施难点之一。其中一级科研系统的业务工作和管理工作如何组织，是关键的改革空间，需要求助于更多的组织工程和创新管理知识。
