当前我国一些大型工程类企业基于长期发展和重大工程建设需要（主要指国企），正在加大科研投入，向创新型企业转型。但由于工程类企业中有过深度科创经历的较少，在科研模式选择和形成上，不仅存在资源与能力短板，更存在认识上的误区。
实践中，人们熟知的一类研发过程是：先立项开展S（前瞻性和基础性研究、应用基础研究），评价通过后开始T（应用技术开发、试验发展等），再评估后正式向E（工程化阶段）推进。该正向研究模式可称作“三阶段科研模式”，即STE模式；与之相对应的是ETS模式，即基于当前要做的产品或工程建设需要提出技术研发要求，然后通过T、甚至S来解决，只是这种方式通常不适于技术差距较大的情况。
由于以往很多工程类企业在项目实施过程中，技术障碍不大、涉及技术研究与开发问题较少，偶尔遇到也多是委托外部科研单位来解决。因此从其科研范式最基本特征看，属ETS模式——也可以说是需求拉动型。现在工程类企业由于要向重大或新型工程领域进军，需要技术、需要研发且技术距离很大，因此多数想走STE模式——可以说是供给推动型。但从现实差距看，要形成STE模式，工程类企业至少有三部分工作要补齐：
①之前很少开展的S需要补上，表现为新建研究机构、引进高端科技人才、加大研发投入、确立研发项目等；
②T和E的工作虽开展过，但以往主要通过市场化方式实现（如课题分包或技术装备采购），现在需补上自研模式这一课，当然也包括培育和形成开放式创新或联合研发方式等；
③还要构建完整的STE运行体系，表现为确定科研与产业（工程项目）在资源、主体和过程上的结合方式，以及明确投入形式、评价方法、发展模式等。如某水利工程集团在组建中央研究院以加强技术研究与开发的同时，尝试在一开始就构建好研究院与对口工程板块单位间科技需求与服务保障关系。
另外必须认识到，如果单纯采取STE模式，对大型工程类企业来说可能意味着巨大的“科研模式选择风险”。STE是传统慢创新模式下的科研范式，虽有利于高创新，但适应不了当前科技产业快创新的竞争现实——事实上很多制造型集团、科研院所、乃至国家科研体系，当前正在遭遇的也恰恰是该模式带来的痛苦；正在被工程企业抛弃的ETS模式，恰好具备“快创新”特质，只是存在难以直接应对“高创新”要求的障碍。
其实，两种科研模式本质上或背后分别代表着“专业技术线逻辑”和“产品技术线逻辑”。只有将代表专业技术线逻辑的STE模式与代表产品技术线逻辑的ETS模式在模式层面实现整合，才是工程类企业应该构建的真正完整的目标模式——它也是当代科技研发的新范式，一种能解决快创新与高创新矛盾的高级范式。
当前大部分向创新型企业转型的集团、尤其是科技基础较好的企业，也正试图在原来STE基础上，同时形成和加强ETS模式的运用，以“双向研发模式”解决快创新和高创新对科研模式要求上的矛盾。但多是并行运用，远未到模式融合的程度，对现实问题和矛盾起不到太明显的作用。
