《关于深化国有企业改革的指导意见》（下称“《意见》”）将从市场机制、管理体制和战略空间上对各类国企产生重大影响。在我国经济迫切需要技术创新的当下，转制科研院所必将受到更多关注，成为多方博弈的对象，其在国企兼并重组的大变局中将被置于何种位置，变数很多。
可以预见，国企改革的具体方案和实际进程等在一段时间内可能仍不太明朗，——大道浑浑，前程难卜，值此十三五规划之际，转制科研院所又能规划些什么？
体制内市场化竞争的阀门将全面打开，科研院所现行的业务模式和发展方式将在根本上难以为继。
“体制内＋市场化”是本轮国企改革的核心技术要点。首先，本轮改革主要是国有资产在体制内的自我革新，是国有资产与国有资产、国有企业与国有企业之间的玩法，民营资本参与更好，不参与也无妨；第二，通过设立投资运营公司、在经营性国企中建立现代企业制度等，将市场化方式引入到政府对国企的管理上。在西方国家，包括我们的常规理解上，市场机制只能建立在以私有经济为主体成分的基础上，我国之前的改革也曾有一段时间想通过私有化推进市场化。而此次《意见》试图将市场化建立在国有经济上，不认为私有化是必须的途径（因此《意见》中对混改、对职工持股的推进，不设时间表，强调要稳妥、要防止国资流失）。
本轮改革旨在提高国企的经营效率，将在体制内尝试推进各种可能的市场化手段，消除各领域、各条线、各地方、军品和民品等的分割和垄断现象，追求至少在国企内部形成全国范围的、高度市场化的统一市场。以前也想打破垄断、建立统一的竞争性市场，但是那时的思路是要引入民营竞争主体，所以管理层在推进上很犹豫。本轮改革可能不同，在体制内搞竞争没有什么不放心的。如果在国有经济内搞市场化的思路行得通，那么科研院所在各领域的竞争都必将增加更多的平等竞争主体，军品院所也将失去现有的种种优势。届时，还在依靠纵向课题、采用传统课题制模式、产业化发展方式仍过于低级的科研院所，不再有生存基础。
主体类型和市场地位将面临终极抉择：要么主动转变成A，要么被动重组成A的研发中心。
这里的“A”指复斯公司所说的A类企业，即具有完整产研循环功能和能力的创新型企业。（详细了解参见《非类趋向战略：向创新型企业转型的行动框架》一文。）
未来只会有两类国企，一类是以资本为经营对象——国有资本投资运营公司；一类是以产品或实业为经营对象——国有实体企业。进一步，实体性国有企业在地位上将有两种主要类型，一种是由国有资本投资运营公司直接持股的公司——一级实体企业；另一种是一级实体企业的全资子公司——二级实体企业。而且，二级实体企业将在很大程度上是作为一级实体企业的业务性主体而存在——要么作为一级业务主体的重要业务环节，要么与一级业务主体存在非常重要的战略性或经营性关联，但都与现在很多集团下属的子公司有着本质不同。
当前的集团公司如果不能成为投资运营公司，就要从业务经营的角度不断实化自己，转化成为一级实体企业，总之，这个管理层级将会被大量撤销。在这个过程中，集团内的二级公司面临着与集团公司一样成为一级实体企业的机会，当然大量企业将彻底成为二级业务主体。现在，集团内有很多二级企业，虽说是二级主体，但在市场上是非常独立的——战略上是独立的、经营上也是独立的，将来这种现象将会很少存在。
目前在集团内的很多科研院所，多数是相对独立的二级主体，什么类型的科研、产业都可以做。将来这种存在状态可能不会再有了，要么升格成为一级实体企业，要么只会被彻底重组为一级实体企业的研发中心，即便院的番号还在，但已经永久性的失去了企业的属性——对于有着五、六十年历史的院所来说，到了这一步确实令人痛惜。
资本运作手段将受到严格限制，产业化发展必须回归到实际价值创造本身。
资本运作将集中在各级国有投资运营公司中开展，实体企业，包括一级实体企业将会被要求切实回到消费者价值的创造上，回归到业务经营本身，股权经营、在股市上一遍遍圈钱的做法将不会被允许。
很多科研院所长期来把产业公司上市、或拥有一个上市公司作为产业化发展的目标；而那些已有上市公司的院所则进一步偏离科研和产业化工作的本质，热衷于资本运作，在这方面花费的心思和投入的时间实在是太多了。而真正在基于产业的研发体系构造、产品研发项目管理、产业化组织模式和工作体系建立等实际工作方面，则时断时续，一有上市或资本运作机会就跑开了。
从《意见》看，将来科研院所作为一级实体国企时，可以整体上市，但不太可能再有其控股产业子公司单独上市的现象——如果需要上市，那也主要是国有资产投资运营公司的事，而且最有可能是将其剥离出来，成为另外一个一级实体企业，而其与原所属科研院所很可能不再有任何关系。对于当前有上市公司的科研院所，将来要么通过资产注入的方式实现整体上市，要么上市公司就会被划走，——一旦如此，科研院所自身也就很可能被重组成为其它企业的研发中心。
如果想在国企重组中争取好的地位，科研院所从现在开始就必须摒弃以上市为目标、尤其是资本运作这类产业化发展的“模式”，在技术研发和产业化发展的业务性工作层面上，进行切实的、高水平的投入——这是一个艰辛的、也是需要很长时间的工作，但好在国企改革的实际进程可能没有那么快，三年左右的缓冲时间或可期待。
大道浑浑，前程难卜。值此十三五发展规划之际，科研院所该做些什么？
国有资本投资运营公司试点以两种方式进行，一种是国资委授权模式，另一种是国务院授权模式（国家直接授权）。预计国家直接授权模式将是目标模式，国资委授权模式是过渡性安排。当前央企数量太多，有5.2万家。采用这种“蚂蚁搬家”式的实施策略，可以在基本保持稳定的条件下，深度的、节奏可控的实施这种大范围的改革。
在这种实施策略下，可以想见，国家直接授权模式必将对国资委管理的110多家企业、尤其是其中的二级和三级企业进行深入的重组，从而在国资管理新体制下形成崭新的国企体系。而国资委授权模式则更多在各集团公司体系内分别进行，跨集团程度不会大。估计国资委会更多以守成为主、在守成基础上适度向改革方向有所推进，以配合国家直接授权模式。今明两年会有多少企业、又是哪些企业会被纳入到国家直接授权模式的范围？即便纳入：是直接作为（或被重组、改造为）投资运营公司？还是直接作为（或被重组、改造为）投资运营公司的直接投资主体（一级实体企业）？又或者只是其中的二级实体企业？实难料测。
此外，从各关联方的积极性角度分析，国企改革进程可能并不会很顺利。本轮改革是在各方利益已经固化的前提下，由中央推动的至上而下的变革，在这种情况下：国资委要被削权，集团公司层级可能撤销，二级、三级公司可能被兼并重组，国企高层在体制内和体制外的两种好处只能取其一，国企员工要面临更高的业绩和工作压力，甚至有下岗可能。同时，改革的力量也是存在的，比如反腐和“八项规定”等政治氛围对相关人员所形成的压力。这是一场旨在提高国企效率的企业改革，也是一场打破强大利益格局的政治较量和社会问题的解决，因此必然会在改革过程中出现类似力度轻重、速度缓急之类的变数。这类变数更是难以预测。
此前，很多科研院所都在等《意见》出台，打算在其出台后再制定十三五发展规划。《意见》的出台，在改革方向和对转制科研院所的总体影响方向上可以说基本明确，但未来国企格局和国资体制的实际变化、以及国企改革的实际进程等仍充满不确定性，很难判断。在这种情况下，科研院所如何思考和安排未来几年的工作？
整体说，就是：切实提高科研能力和产业化发展水平，尤其是优化科研和产业化模式，高起点的建立起支撑产研循环的工作体系和组织体系。
具体说：
第一，在国企新格局中向“一级实体企业”的目标去定位、去构造，尽早构造出具备多轮产研循环的技术创新型企业的完整体系。
第二，调整、升级现有业务模式、盈利模式和经营模式，尽快形成适应新业务结构和竞争格局的能力。
第三，加紧转变现行科研管理体制，形成与新定位、新业务模式、新盈利模式等相匹配的科研体系与科研项目管理模式。
第四，以“重在母体”为产业化发展的整体思路，加快构造适于产业发展多个阶段的、具有“大科研、大生产和大经营”平台特质的产业化发展模式。
