科研院所转制后，面临两个体系（产业化运营管理体系和科研组织管理体系）的构造或改造问题。这两个体系的完善程度、先进程度、相互匹配程度，直接影响科研院所当前状态和发展前景。
产业化运营管理体系。很多科研院所为加大产业化发展力度，成立了一个或多个产业化公司。产业化公司作为社会资源运用平台是没有问题的，但产业化可能不是完全在产业化公司内封闭独立完成，以前很多科研院所在这方面有过深刻教训：产业化公司本身比较小，开始时可能就只是一个团队，独立承担产业化的任务，尤其向大规模经营和大规模生产平台走的时候，能力往往不具备；如果强行让其独立承载，母子公司（即与院/所总部）之间采用纯粹控股公司模式，最后的结果一定是子公司做不大、做不长。
短期内，靠子公司独立发展是非常困难的，功能要在子公司和总部之间做合理搭配，总部提供共性和高品质的运营类“公共服务”。这里就涉及到总部和产业化公司之间在生产、市场和销售上如何进行功能搭配，并随产业发展阶段变化如何逐渐向发展程度不同的产业化公司有区别的过渡（相关探讨详见《科研院所建成果转化平台“十问十答”》一文）。
科研组织管理体系。科研是科研院所再次生发业务机会的基础，也正因如此，科研院所在科研资源配置上会面临一系列问题。如基础性和共性科研资源该如何配置？如果都肢解配置到产业化公司，不仅会导致科研能力和科研效率问题，而且由于产业化公司面临巨大的经营和生产压力，科研必然难以兼顾（有时也不愿兼顾）；此时，总部又不做科研了，最终很可能出现“产业化公司没做大，总部又成了空壳子”的结果。尤其是很多产业化项目本身在技术上还没有成熟、不具备大规模生条件时，问题就会更大。——这也是2008年后，很多院所又重建总部科研力量的原因。
科研组织管理体系的构造，包括总部和产业化公司之间的功能配置，是个很需要解决的问题（相关探讨详见《科研模式改革：困境与出路》一文）。
