科研院所改革工作虽已开展很多年，但一些问题还是很普遍、很有代表性，下面以一个军工科研院所为例，分析其在组织变革、科研项目管理和业绩管理中存在的问题与解决方向。
管理模式与组织结构缺乏同步变革，管理模式处于自然演化中
企业的组织结构与管理模式并不必然一一对应，若缺乏对管理模式的主动变革，组织结构调整后容易自然伴生简单的管理模式。
该所五年前进行了组织结构调整，但其沿续的直线职能制管理模式与自然伴生的事业部制管理模式相互冲突（如下图所示），导致目前各技术研究部与职能部门产生管理冲突，并日益加剧；而长期看，这种管理冲突又容易使该所陷入简单化分权的陷阱：所级职能弱化，而技术部管理提升速度缓慢，导致所执行力下降和管理粗放（相关探讨详见《转制研究院所应高度重视“简单化分权的陷阱”》一文）。
在科研项目管理制度的完善上，仍处于纵向细化阶段，横向细化程度不够
在科研院所中，科研项目管理制度体系完善有两个主要方向：横向细化，指各类制度体系之间接口和接口关系的持续细化与完善；纵向细化，指单个制度本身的持续细化与完善。该所在这方面存在的问题主要是：
①当前的管理制度更多是科研管理和业务操作管理，业务监管和业绩管理缺乏（见下图）；
②现有制度体系中，管理制度横向细化程度不够；
③目前正在管理精细化方向上努力，但仍大多集中在纵向精细化上。继续下去，效果不大——由于缺乏横向细化支撑，面临越细化、越无法执行的困境。（相关研究详见《科研项目组织管理：现实缺陷与目标模式》一文。）
当前业绩管理模式导致其“状态锁定、上限封顶”的发展困局
绩效考评：用一类绩效管三类项目，导致科研创新和民品研制无法推进。该所现有绩效考评模式下（如下图），能实现的仅是科研业务对当期业务规模和经济价值的贡献，而不是科研业务的其它战略价值；且经过科研生产环节，科研业务管理结果与战略取向的偏差进一步增大。这种绩效考核的激励导向是：使技术部和科研人员都更愿意做经费多、容易完成、精力投入少的课题，以及更多横向课题；而所内自主立项的创新课题和民品研制项目，则推进迟缓。
收入分配：二元工资部分的发放方式，进一步导致科研业务处于低效率状态。项目管理的核心特点之一是针对性，其分配体系同样有该特性。但该所当前的分配模式并非如此（如下图），无论从组织层级还是项目之间都存在多次综合、调整、平衡，严重破坏基于项目的考评分配模式（相关研究详见《项目基础型业绩管理模式：项目式业务特点企业的薪酬分配与绩效考评》一文）。
该所现有的绩效考评模式，导致科研创新和民品研制无法推进，造成所长期发展缺乏推动力；而其现有的收入分配模式，则使得科研业务处于长期低效率状态。——于是其业绩管理模式，整体上实际造成了该所当前“状态锁定、上限封顶”的发展困局。
