经过转制早期的简单化发展之后，许多科研院所开始在创新发展模式上进行积极探索，如设立院（所）科技发展基金、加大科研投入；确立重点产业化项目，并按照“立项-研发-产业化”的战略发展范式进行产业化发展；在商业模式上，也尝试过各种做法（如某院甚至有13种之多）。但真正建立起创新发展模式且在产研结合上走通的，并不多。
近几年，国家实施创新发展战略，很多科研院所抓住机会，建立起国家及各级地方政府的重点实验室、工程技术研究中心、工程研究中心等技术硬件系统和科研平台，获得的国家科研资金也逐年翻番。很多本已走入严重困境的科研院所，重新获得了发展下去的机会；同时，生产制造企业也在构建研发体系，民营高科技创业团队又正在大量涌现，科研院所面临前所未有的威胁。
因此，对大量转制科研院所而言，本轮发展机会虽然很好，但很可能是最后一次机会，必须做好最后一搏的准备：对创新发展模式进行深度构建，确保切实建立起功能性的创新发展体系，真实步入产研循环的良性发展通道。否则，随着科研基建规模下降、国家科研体制改革深入、其它类型企业创新能力形成，在创新发展模式上不去走、不真心走或没能走成的科研院所，又将面临转制早期“断奶”的痛苦和随后的发展困境（相关研究详见《一个中央研究院的历程——集团创新体制改革20年的反思》一文）。
承载如此重大发展使命和极高要求的科研院所新阶段战略规划，需要建立在迥异于以往的、高能级的理论认识和技术方法上，在重点工作领域要有实质性的、层次性的提升和突破。为此，复斯专家认为对于很多科研院所而言，战略规划的研究重点不主要在外部市场环境，而在自身内部条件，并主要集中在以下三个层面：
第一层面：运营模式高级化
很多科研院所的业务运营系统比较粗放：业务单位独立经营、封闭生产，通过业务单位增加或人员规模扩张提高运能（销售能力和生产能力）。这种方式不仅不利于系统集成业务（跨多个业务单位的业务）开展，而且也不具有可持续发展意义——在规模达到某个边界值后，负面效果就会凸显，进而成为制约继续增长、尤其是高质量增长的阻碍力量。
面对巨大压力与发展机会，研究院所当前在业务运营层面的做法，需要有一个大的能级提升，在开放且集成的方向下，建立大容量、高能效的业务运营系统，否则很难打开大发展的内生动力通道。而这一切需要以经营思路和组织逻辑的重大突破为前提——它们是运营模式高级化的关键，是制约运营系统能级提升的“天花板”。
第二层面：业务模式高级化
业务模式在内涵上包括三个方面：业务形式、盈利模式、开展方式（含营销方式、竞争方式、建设方式、生产方式等）。当实践中强调后二者时，常称为“商业模式”。
业务模式高级化的直接方式很多，如：形成适应业务类型不断增加和复杂化的业务发展逻辑和商业模式；优化业务组合，提高业务整体质量；升级业务模式，获取更多高端系统业务，提高业务附加值；通过推广和应用更多的新技术，提高业务的技术竞争力，获取差异化竞争优势并提升盈利水平；通过将核心技术产品化，实现规模化发展等。
同时，从加强业务基础建设和业务管理方法入手，能间接提高业务模式的高级化程度，如：推进标准化和模块化水平，提高规模化定制能力；完善项目（群）管理，提高人力资源虚拟使用水平；细化、规范产品和服务各环节成本，梳理各业务单位关联业务活动（营销活动/生产活动）的经济关系，构建和完善多品类、多环节、多主体的院所经济权配置体系等。
第三层面：主体类型高级化
主体类型高级化的目的，是形成“强科研+强产业（含产品类/服务类/工程类等）”的组织特质，形成“科研贡献产业、产业反哺科研”的良性循环，从而步入创新驱动、转型升级的创新发展之路。核心是解决产研的结合关系，即如何在企业内部实现“两类资源”、“两种主体”和“两个体系”的结合——科研资源、科研主体与科研组织体系，同业务资源、业务主体与业务组织体系的结合。
可围绕以下内容对主体类型高级化进行规划：主体类型定位，确定主体类型长期发展目标和阶段发展目标；主体类型构造，现阶段的目标组织形态与运行模式；创新发展路径，技术创新、业务模式升级及二者配合使用与综合创新；创新项目开展模式，科研及其成果产业化/业务化工作模式；既有业务的创新发展模式等（相关研究详见《战略新规划：解除转制科研院所进一步发展的行动困境》一文）。
