对转制已二十多年的科研院所而言，如何认识当前的改革发展任务，是行动的基础、更是统一认识的基础。结合转制以来的改革发展历程分析得失、明确任务，则能更准确的把握改革任务的性质和方向，更可有助于对各类具体改革手段、做法的创新运用和整合运用。
根据发展任务和发展类型，科研院所转制以来的发展可分为三个主要阶段。
第一阶段：企业化发展阶段（1999年～2003年前后）
1999年（也有些更早）转制后一直到2003年前后，是转制院所的企业化发展阶段。即从原来事业单位转变成为独立市场意义的企业。从经营和管理角度看，企业与事业单位至少有两方面显著差异：一是任务的形成方式不同，事业单位的任务来自于国家（包括各级政府），而企业的任务来自于市场，所以确定性不一样；二是收入的形成方式不同，事业单位的收入来自财政投入，企业要自己到市场上去竞争以获得收入、形成剩余，所以稳定性不一样。
面对如何从市场获取业务？如何形成新的能量循环？当时，转制科研院所如法炮制了国家对其的做法，把二级单位（处/室）变为独立经营主体。以前这些二级单位是科研生产单位、是生产性质，现在变为经营单位，科研人员也被变成经营人员、要到市场上找活儿——这当时在心理上是一个很大的转折。
这一时期转制院所在管理上做的主要是与人力资源有关的工作，目的是激发二级单位、尤其是科研人员“经营的积极性”——而现在、时隔二十多年后，很多科研院所则在苦恼着如何激发科研人员“科研的积极性”。
第二阶段：产业化发展阶段（2003年前后至今）
产业化发展，不同于企业化发展。早期为实现企业化发展，转制院所在二级单位下成立了很多小业务单位或子公司——虽然也是做产业但都很分散且规模很小，作坊式、没质量、更不可循环。但在转制早期之所以能如此发展业务，是因为：可不断对积累了几十年的科研成果进行筛选，然后持续的拿到市场转化。
然而这样的做法不可持续。一方面，很多成果转化的效果并不好，另一方面即便好也容易被外部市场主体模仿——当然包括科研院所自己人带走技术出去开公司。这导致转制院所不停的梳理可用技术……再有家底，按这种方式也是不可持续的，所以很快（除军工院所外）大部分转制科研院所企业化发展都陷入一种困境：不仅做不大且越走越枯竭。
于是2003年前后，尽管不同院所面临行业和市场情况不同，但都先后开始考虑“如何循环起来”的问题：在产业规模上能做大、在发展方式上能多轮可持续发展——这就是产业化发展的任务。对此，科研院所改革行动突出体现在对产业公司组织体制的探索上：早期，一些科研院所还是希望能通过完善下属单位中现有二级子公司来发展产业；后来由于管控很难到位，出了不少经济问题，于是逐渐把这些二级子公司整合成为院级层面的一级子公司。其中，有的是做成一个统一的平台型公司承接并转化院内所有技术成果，有的则是同时构建了面向不同产业方向的多个一级子公司，还有力度更大些的把院所整体直接翻牌为高科技型产业公司（相关研究详见《科研院所产业化发展：组织体制与组织架构》一文）。
虽历时日久，但事实上转制科研院所产业化发展任务到现在也尚未完成。产业要是真做好了，很多院所如今（除因国家或集团要求外）也无需急着谈创新了——因为创新是一种发展方式、发展驱动，是更难的事。
第三阶段：创新发展阶段（2013年前后至今）
尽管产业化发展工作一直在持续，但问题已经演变，和早期要面对的重点不同了。早期是体制、机制、平台、上市等想法，现在是这些都还没实现（也包括已实现但又被集团收走的）又遇到了新任务：科技创新变得非常重要，且不是从科研院所自身需要角度提出来的，而是中国经济发展大阶段、大背景下被提出来的。
以往，转制科研院所做业务、做产业之所以还有空间，是因为其它企业不想做或做不了。早期主要是不想做：虽然转制初期科研院所体制不行、机制不行、理念也不行，但转制后常能随便拿出去个成果就可以做一做，这个不行就再找一个。因为那时很多大型工业企业不愿意做这些小活儿，更不愿意做有技术含量、甚至还要定制化的活儿。它们当时产业很好赚钱，主要靠传统资源投入这种简单方式就能发展。也正是因为这些大企业不想做、不愿做，所以科研院所感觉随便做做都有机会。但到了今天，科研院所发现这类可以做的市场机会越来越少，因为大企业现在也什么活儿都愿意做，已很少有企业有资格说“这个我不愿意做”——如今，转制科研院所面临的市场需求已经转变，“只有别人做不了的事”可能才是真正的机会。
为重新凝聚研发力量、恢复和重建专业方向、重塑科技创新能力，2013年前后一些大型转制院所开始自建中央研究院（或直属研究中心、技术中心等），规模较小的转制院所也尝试借助集团力量重新加大科研投入、增强科技实力。同一时期，无论是否依托转制科研院所，那些大型工业企业、尤其是国企集团也都做着相似的改革工作（相关研究参见《一个中央研究院的历程——集团创新体制改革20年的反思》一文）。
如今看，转制科研院所企业化任务完成的不彻底而产业化任务更是尚未完成，但在这两个任务上又要叠加了一个新的、要求更高的任务：创新发展。因此，当前转制科研院所的改革发展任务是，要按照创新发展的要求进行企业化发展、产业化发展。即“在创新发展方式下”去思考如何企业化、如何产业化、如何变成科技型产业集团或成为集团科技创新中心。
