商业中间体的设置，不能完全解决5M过程集成模式的实现问题，其本身的实现还有大量的非常规工作要做。工作模式在实现上的组织与管理做法（所谓管理模式），实践中很丰富，但概括起来主要是三种类型（相关知识详见《三类管理模式》一文）：常规组织管理模式、工程项目管理模式和团队管理模式，其中前两种主要用于成果集成工作模式，后者虽可直接用于过程集成工作模式，但本身存在实践缺陷，不能完整满足商业性创新项目的需要。
（一）5M综合工作单元
活动的不确定性和活动之间的相互影响程度较高，是商业性创新项目的工作特点，也是组织管理的难点，因此要首先在工作分析上，将各活动的不确定性类型和互相影响类型分析清楚，然后据此划分工作单元，将具有高不确定性且存在双边影响的活动划入一个综合性工作单元，交由一个工作团队整体实施。
活动的不确定性有四类，按影响级别由高到低依次为：活动目标不确定，成果要求不确定，活动内容不确定，活动接口不确定。各项活动的不确定性类型向下兼容，实际分析时以最高级别的不确定类型而定。
活动本身的不确定性，既有可能是自身导致的，也可能是其它活动的不确定性导致的——就是说活动之间可能存在相互影响。这种影响，可能仅是单边影响：活动X发生变化后对活动Y有影响，但反之没有影响；也可能是双边影响：X对Y有影响，Y对X也有影响。
将不确定强且存在双边影响的活动划分在一个综合工作单元里。所形成的综合工作单元，可能是2M的综合，如由某技术类活动与制造类活动构成的综合工作单元，也有可能是3M、4M或5M的综合。对于其它低影响类活动，可作为常规工作、按类似成果集成模式开展，其分解不必强调双边影响类型，可主要根据企业当前的组织结构划分工作单元。工作单元是工作活动的组合，将作为一个最小工作包落实给某工作主体，是组织设计的基本工作单位。
（二）二阶项目组织
创新项目按过程集成模式开展时，组织逻辑发生了变化——如果说工程项目组织是常设组织的一阶临时组织的话，它则是常设组织的二阶临时组织。
第一，在企业常设组织体系基础上，临时生成五个专业项目组织体系（5M专业项目组织体系）：技术成熟度提高工作组、制造成熟度提高工作组、市场成熟度提高工作组、业务模式成熟度提高工作组和组织管理成熟度提高工作组。每个专业组都可能是由多级专业组形成的临时组织体系。一次生成的临时项目组织，类似一般工程项目组织：设计组、采购组、施工组、试车组等专业项目组。
第二，由于一次生成的项目组织只适合有明确工作规范和接口较为固定的工作，不足以解决创新项目的高不确定性和相互影响问题，所以还需要在此基础上，再次生成各级综合工作组（对应综合工作单元），形成5M综合项目组织体系：（1）由五个一级专业项目组核心成员构成的一级综合工作组（含5M工作）；（2）针对综合工作单元，由同级专业工作组核心成员构成的二级综合工作组、三级综合工作组等。不同于工程项目组织的项目控制组等，二次生成的综合工作组不是纯管理主体，而是业务主体（实际完成创新工作）。
第三，5M专业项目组织体系与5M综合项目组织体系以嵌套方式结合在一起，构成高度集成的二阶项目组织体系：一级综合工作组由相应一级专业工作组核心成员构成；二级专业工作组核心成员构成二级综合工作组，同时又作为主要成员构成相应的一级专业工作组；与之类似，三级专业工作组核心成员构成三级综合工作组，同时又作为主要成员构成相应的二级专业工作组……
第四，强调团队工作方式。每个工作组是一个团队，虽然有分工，但强调任务、目标、责任的整体性、共同性。唯其如此，才能高效、高质量的解决创新工作的不确定性问题。
第五，一个综合工作组与相应的多个专业工作组，共同构成一个综合工作单元的完整工作组。其中的综合工作组对应的是综合工作单元共同工作环节，各专业工作组对应的是综合工作单元的独立工作环节。通过共同工作和独立工作的结合，实际完成创新这类高度不确定性工作。
（三）再策划
专业工作组提出5M实施问题、综合工作组对此再策划、专业工作组对新策案再实施……如此循环推进，直至完成商业中间体。——这是综合工作单元的基本工作程序。成果集成工作模式视再策划为例外性补救，过程集成工作模式视再策划为正常工作推进。
再策划的随机发生机制，是5M过程集成工作模式的重要特性。创新程度越高的项目，越具有不可计划性，就越需要通过引导性计划、以过程性的动态调整方式不断接近正确的目标，因此工作策划就越具有频繁性和随机性。比如：制造小组可能在调研生产制造现状、寻找合格供应商的过程中，发现如果按照之前技术小组设想的技术路线或技术标准，生产制造条件很难具备；业务模式小组也可能在工作中发现，如果按照技术组、制造组等方案，创新产品成本太高，很难有竞争力。一旦出现这种情况，他们就可以分别作为提出者，及时提出评估要求，然后在相应的综合工作组中共同工作，形成新的策划方案。否则就容易出现两阶段创新模式下的情况，科研阶段导致的制造问题、市场问题等，直到产业化阶段后期才暴露出来。
再策划后，很可能需要再次进行工作分析、工作分解和工作组织等基础工作，工作单元、参与人员和项目组织体系的实际构成都有可能再次发生变化。商业性创新项目的不确定性，传导的不仅是工作过程的不确定，而且还在前提上传导着工作组织的不确定。比较而言，工程项目的工作分析与工作分解是一次性的，项目组织体系也更为稳定。
另外，再策划还会不断改变或完善商业中间体、甚至引发对创新目标物的再认识、再设想。再策划，不仅是实现方案的再策划，也是工作对象和实现目标的再策划。创新过程本身，包括对创新目标本身进行新的设定或重新设计——这也是创新目标物“成熟度提高”的实际含义。因此：创新，不仅在创新对象的实现上，还在创新对象的再创新上。现实中有很多企业把创新目标物作为既定的东西，没能实现就认为失败，结果就没有什么项目好做了，比如某集团的一个研究机构，一开始确定了十多个亿元产业化项目，结果都纷纷宣布失败或不了了之，后来连能立项的产业化项目都没有了。实际上，再策划、对创新目标物的“再创新”，不是对项目的否定，而是对项目的实现或形成更好的项目。好的创新目标物是在过程中逐渐发现的，只有走在这条路上的人才能发现。不艰深走在这条路上的人，眼里没有多少可以做的项目，必然陷入这样的行动困境：好的做不了，能做的没价值。
（了解创新项目
工作模式相关研究，详见《创新项目的开展思路：过程集成工作模式》一文）。
